Le reiki a été découvert à la fin du XIX siècle par Mikao Usui, un japonais, pasteur chrétien et président d'un université à Tokyo. 

C'est suite au défi de l'un de ses élèves lui demandant s'il croyait aux miracles guérisseurs et s'il pouvait le démontrer que Mikao Usui (1865-1926) consacra de longues années à l'étude des textes sacrés chrétiens et bouddhiques.

En 1922, il entreprend une méditation et un jeûne de 21 jours sur le mont Kurama, une montagne sacrée proche de Tokyo. 

Le dernier jour il entra dans un état de conscience éveillé et atteint l'illumination. Il vit alors des symboles, qu'il avait déjà pu observer dans les textes bouddhiques sacrés. Il se sentit alors investi d'une puissante force guérisseuse. 

Sa première expérience fut lors de son retour, alors qu'il redescendait du mont Kurama, il se blessa au pied, il y imposa donc ses mains, saignements et douleurs cessèrent. 

Cette même année il ouvrit sa clinique Reiki à Tokyo et commença à partager son savoir.

En 1923, suite à un tremblement de terre dévastateur, Mikao Usui soigna de nombreuses victimes et se vit décerner les honneurs de l'Empereur Meiji.

Avant sa mort Mika Usui transmis son savoir au Dr Churijo Hayashi (1879-1940), qui ouvrit une clinique Reiki à Tokyo, afin de soigner et de transmettre le savoir. 

HawayoTakata (1900-1980), jeune japonaise soufrant de plusieurs troubles se rendit dans cette clinique, elle se fit soigner et elle demanda à ce qu'on lui enseigne le Reiki. Elle ouvrit ensuite sa propre clinique en Occident, et enseigna la méthode des 3 niveaux à travers les Etats-Unis et le Canada.